Два вопроса.
 

В каком месте на диске С могут быть файлы, которые можно удалить для освобождения места на диске?
Когда выводит окошко с предложением удалить неиспользуемые программы, такое удаление безопасно для системы?

Есть несколько скрытых папок Temp: одна системная – \WINDOWS\Temp и пользовательская
– С\Users\Имя_пользователя\AppData\Local\Temp
Их можна тереть :)
Нет, может удалить нужное. Просто ОС говорит, что мол ты реже юзаешь программы по клику на ярлык (пример плеер, т.е. ты не по ярлыку открываешь плеер, а просто по двойному клику на файл, который надо воспроизвести).

Диск C: Свойства очистка диска. Удаляй всё. Потом очистить системные файлы. Дополнительно восстановление системы и теневое копирование. Это на десятке. На других похожие действия.

это мастер рабочего стола предлагает удалить неиспользуемые ярлыки программ с рабочего стола . совсем не то . установите программу CCleaner и прогоните и почистите мусор ею .качайте Free версию .http://www.piriform.com/ccleaner/download

Также неплохая программа для очистки - FreeSpacer, бесплатная, удобная, пользуюсь уже несколько лет. Единственное - в процессе очистки считает файлы, создаваемые торрентом (~uTorrentPartFile_8730F0FF0.dat), за мусор и удаляет (но это можно отключить в настройках).